Jonathan Schiller absolvierte das Bachelorstudium in Erziehungswissenschaft und Ethnologie (2-Fach B.A.) und anschließend den Masterstudiengang in Allgemeiner Erziehungswissenschaft und Interkultureller Kommunikation und Bildung (M.A.) an der Universität zu Köln. In seiner Masterarbeit befasste er sich mit migrationsgesellschaftlicher Mehrsprachigkeit im zweiten Bildungsweg.
Während seines Studiums war er als wissenschaftliche Hilfskraft in verschiedenen Forschungsprojekten tätig, unter anderem seit 2023 am Mercator-Institut für Sprachförderung und Deutsch als Zweitsprache.

Von 2024 bis 2026 war Jonathan Schiller als Projektkoordinator im Weiterbildungsprogramm LehrkräftePLUS Köln für zugewanderte Lehrkräfte tätig. Seit 2025 arbeitet er zudem in der wissenschaftlichen Koordination des Mercator-Instituts mit einem Schwerpunkt auf der bedarfsorientierten Sprachbildung selbst zugewanderter Schüler:innen. Er betreut seit Februar 2026 außerdem die Tool-Datenbank in der Bund-Länder-Initiative Transfer von Sprachbildung, Lese- und Schreibförderung (BiSS-Transfer).

Darüber hinaus leitet er Lehrveranstaltungen im Modul Schülerinnen und Schüler mit Zuwanderungsgeschichte (DaZ-Modul) für Lehramtsstudierende.
Seine Forschungsschwerpunkte liegen in der qualitativen Forschungsmethodik, der bedarfsorientierten Sprachbildung neu zugewanderter Schüler:innen sowie in der Professionalisierung und Fortbildung zugewanderter Lehrkräfte.